Le Squadron 243 voit le jour en août 1918 à partir des éléments des escadrilles 414 et 415 de la base aéronavale de Cherbourg qui est utilisée comme base de secours de Calshot qui fait elle-même partie du Royal Naval Air Service. Les hydravions sont alors utilisés pour la lutte anti-sous-marine le long des côtes Françaises et dans la Manche. L'unité est dissoute le 15 Mars 1919.

Le 12 mars 1941, le Squadron 243 est reformé à Kallang en tant qu'unité de Chasse affectée à la défense de Singapour et équipée de Brewster Buffalo. La faible autonomie de ces appareils devient rapidement flagrante, ce qui oblige l'unité à attendre que les Japonais prennent l'initiative de l'attaque. Lourd et moins maniable que ses opposants, le Buffalo est incapable d'endiguer l'avance japonaise et subit de lourdes pertes en janvier 1942. L'ensemble des unités équipées de cet appareil regroupent les éléments restants en une force combinée composite jusqu'à l'évacuation des survivants. La dissolution officielle du Squadron 243 est annoncée le 20 janvier 1942.

Le 1 juin 1942, le Squadron 243 se reforme à Ouston (Grande-Bretagne) et récupère les Spitfire du Squadron 242. Il devient opérationnel le 12 juin et après avoir mené des opérations défensives, il redonne ses appareils au Squadron 232 à la fin septembre 1942. En novembre, l'ensemble du Squadron est envoyé par navire en Afrique du Nord où il redevient opérationnel sur Spitfire à partir de janvier 1943. Au départ de l'Algérie, il prend part à la campagne de Tunisie et effectue un grand nombre de Sweep, d'escortes et d'attaques contre des objectifs terrestres. En juin, il est envoyé à Malte pour y effectuer des missions similaires dans le cadre de l'invasion de la Sicile, intégré à l'Escadre 234 de la Desert Air Force. Peu après l'invasion de la Sicile, le Squadron est transféré sur les aérodromes de la tête de pont, renouvelant l'opération lors de l'invasion de l'Italie en septembre après le débarquement de Salerne. En décembre, il retourne au Levant et après avoir été entièrement équipé en Spitfire Mk IX il s'installe en Corse en avril 1944. Les missions reprennent au-dessus de l'Italie du Nord et le Sud de la France et le squadron assure la couverture aérienne lors du débarquement de Provence en août 1944, puis reprend ses missions traditionnelles jusqu'au 31 octobre 1944, date à laquelle il retourne en Italie avec le reste de l'Escadre 234 pour y être dissout.

Le Squadron 243 est reformé le 15 décembre 1944 à Morecambe. Deux jours plus tard, l'unité embarque pour le Canada afin de débuter l'entraînement sur Dakota. En janvier 1945, il commence à traverser le Pacifique pour rejoindre l'Australie. Là le Squadron 243 effectue la liaison entre les différentes bases RAF du Pacifique Sud-Ouest. Une bonne partie du personnel est alors Australien et ceux-ci rejoignent leur pays lorsque l'unité est à nouveau dissoute le 15 avril 1946.